| 1990年 平成２年 | 難病治療研究センター開設 |
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| 第８回聖医会賞 鈴木 優佳氏 |
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| 第14回生133名卒業 | |
| 第20回生100名入学 | |
| 1990年の主な出来事 | |
| 東西ドイツ統一／イラク軍クェート侵攻／日本人初の宇宙飛行（秋山豊寛氏）／大学入学センター試験スタート | |
| 1991年 平成３年 |  聖医会15周年記念式典（10月19日） |
| 聖医会長野支部設立 | |
| 聖医会福岡支部設立 | |
| 聖医会新潟支部設立 | |
| 第９回聖医会賞 小松崎 靖氏 |
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| 第15回生102名卒業 | |
| 第21回生100名入学 | |
| 1991年の主な出来事 | |
| ソ連崩壊／湾岸戦争勃発／バブル崩壊／若貴ブーム、千代の富士引退 | |
| 1992年 平成４年 | 聖医会宮城支部設立（その後東北支部となる） |
| 第10回聖医会賞 倉石 章氏 |
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| 第16回生99名卒業 | |
| 第22回生102名入学 | |
| 1992年の主な出来事 | |
| 日本人宇宙飛行士毛利衛氏宇宙へ／バルセロナ五輪で日本メダル22個／PKO協力法案成立／脳死臨調が「脳死容認」を答申 | |
| 1993年 平成５年 | 第11回聖医会賞 斎藤 修氏 宮北 康二氏 |
| 第17回生102名卒業 | |
| 第23回生103名入学 | |
| 1993年の主な出来事 | |
| 外国人力士・曙が初の横綱に／サッカーＪリーグ開幕／欧州連合（EU）発足／皇太子が結婚 | |
| 1994年 平成６年 |  3回生 平田 和明氏 解剖学主任教授就任 |
| 夜間急患センター開設 | |
| 聖医会東北支部設立 | |
| 聖医会九州支部設立 | |
| 第12回聖医会賞 志田 勝義氏 | |
| 聖医会奨学金制度設立 第１回聖医会奨学金生 10回生 新保 清氏 ４回生 中島 夏樹氏 |
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| 第18回生110名卒業 | |
| 第24回生103名入学 | |
| 1994年の主な出来事 | |
| 初の女性宇宙飛行士向井千秋氏宇宙へ／関西国際空港開港／中華航空機が名古屋で着陸失敗／大江健三郎にノーベル文学賞 | |
| 1995年 平成７年 | 元名誉理事長 明石 田鶴子氏逝去（５月９日） |
| 聖医会埼玉支部設立 | |
| 聖医会鹿児島支部設立 | |
| 第13回聖医会賞 石田 明氏 | |
| 第２回聖医会奨学金生 ２回生 渡辺 尚彦氏 13回生 長田 尚彦氏 |
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| 第19回生102名卒業 | |
| 第25回生102名入学 | |
| 1995年の主な出来事 | |
| 野茂投手、大リーグで新人王／「もんじゅ」でナトリウム漏れ事故／阪神淡路大震災／地下鉄サリン事件 | |
| 1996年 平成８年 | 1回生 井内 正人氏 第3代聖医会会長に就任 |
| 元学長戸栗 栄三氏逝去 （１月10日） | |
| MARIANNNA-NET開設 | |
 聖医会20周年記念式典 （11月２日） |
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| 聖医会神奈川支部設立 | |
| 聖医会東京支部設立 | |
| 聖医会群馬支部設立 | |
| 聖医会千葉支部設立 | |
| 第14回聖医会賞 松浦 留美子氏 |
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| 第３回聖医会奨学金生 ８回生 岡田 智幸氏 14回生 中山 大氏 |
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| 第20回生103名卒業 | |
| 第26回生101名入学 | |
| 1996年の主な出来事 | |
| 薬害エイズ、法廷で責任追及／ペルー日本大使公邸人質事件／「住専」に6850億円の財政資金導入／Ｏ-157による集団食中毒 | |
| 1997年 平成９年 | 聖医会ダイナースカード発行 |
| 聖医会ホームページをMARIANNNA-NET内に開設 | |
| 聖医会栃木支部設立 | |
| 聖医会中・四国支部設立 | |
| 第15回聖医会賞 奥山 涼子氏 |
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| 第４回聖医会奨学金生 11回生 斎藤 寿一郎氏 15回生 横山 泰廣氏 |
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| 第21回生102名卒業 | |
| 第27回生101名入学 | |
| 卒業生子弟初の入学 | |
| 1997年の主な出来事 | |
| 香港、中国へ返還／金融機関の経営破綻相次ぐ／ダイアナ妃（英国）、パリで交通事故死／神戸で続児童殺傷事件が発生 | |
| 1998年 平成10年 |  明石勝也救急医学講座主任教授就任 （11月） |
| 聖医会茨城支部設立 | |
| 第16回聖医会賞 東 伸行氏 |
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| 第５回聖医会奨学金生 12回生 堀内 正浩氏 15回生 大庭 治雄氏 |
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| 第22回生104名卒業 | |
| 第28回生100名入学 | |
| 1998年の主な出来事 | |
| 和歌山カレー毒物混入４人死亡／インド、パキスタンが核実験／長野オリンピック開催／サッカーＷ杯開催、日本初出場 | |
| 1999年 平成11年 | 聖医会静岡支部設立 |
| 聖医会宮崎支部設立 | |
| 第17回聖医会賞 本間 龍介氏 |
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| 第６回聖医会奨学金生 13回生 榊原 陽太郎氏 16回生 土至田 宏氏 14回生 前田 朋大氏 |
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| 第23回生97名卒業 | |
| 第29回生入学 | |
| 1999年の主な出来事 | |
| 全日空機ハイジャック、機長刺され死亡／初の脳死判定による肝臓移植／2000年問題／東海村の核燃料工場で臨界事故 | |
